Основные задачи РО «СПИД»
• Координация деятельности служб СПИДа по республике;
• Оказание консультативно-диагностической помощи населению и людям, живущим с ВИЧ/СПИДом (ЛЖВ);
• Оказание лечебно-профилактической помощи ЛЖВ;
• Научная и организационно-методическая деятельность;
• Внедрение методов профилактики ВИЧ среди населения.

Структурные подразделения РО «СПИД»:
• Отдел организации диспансерного наблюдения:
• Научно-исследовательский отдел:
• Отдел эпидемиологии и профилактики СПИДа:
• Республиканская референс-лаборатория диагностики ВИЧ-инфекции и СПИДа;
• Учебно-методический отдел;
• Отдел мониторинга и оценки;
• Отдел освидетельствования на ВИЧ-инфекцию.

Областные центры профилактики и борьбы cо СПИДом (ОЦПБС)
• Чуйский ОЦПБС
• Ошский ОЦПБС
• Жалалабатский ОЦПБС
• Иссыккульский ОЦПБС
• Таласский ОЦПБС
• Нарынский ОЦПБС
• Баткенский ОЦПБС

Реализуемые программы:
• Программа снижения вреда в государственных учреждениях (Республиканский Центр Наркологии).
• Программа снижения вреда в негосударственных учреждениях (НПО «Социум»)
• Профилактика ВИЧ-инфекции среди СР и МСМ (НПО «Антиспид»)

Для рассмотрения проектных заявок создана конкурсная комиссия, утвержденная СМКК.
В состав конкурсной комиссии по рассмотрению проектных заявок входит девять человек, среди которых есть представители:
- Аппарата Правительства
- СМКК, в лице зам. председателя
- Министерства здравоохранения
- Неправительственных организаций
- Донорских организаций